尽管师大有着领军全国的鸟类学和生态学实力，但当时，在华方圆的理解里“搬着小板凳在树下记录鸟类育雏”之类的基础科学研究，看起来并不很契合她本心的“有用的”应用性科学。
于是，在得到直博保送机会后，她决定到协和医大基础医学研究所学习可以治病救人的生物医学。“当时的想法非常幼稚——跟自己对自然、生态强烈兴趣的和解方式，是准备把这个兴趣作为课外爱好。”
在协和入学第一学期，她就萌生退意。医科研究所与师大完全不同的氛围让她很不适应。研一末，她战战兢兢地约见导师，说明了自己想退出的想法。在导师许彩民教授善意地将她从直博生转为硕士生后艰难毕业，于2006年回归生态学，深造读博。
华方圆在佛罗里达大学就读野生动物生态与保护学系。作为全美最大的大学之一，学校同时还有许多相关系所，资源丰富。
这个系培养博士生的常规模式是前两年在学校上课，自己发展研究想法并自主申请研究经费，顺利的话将在第三第四年开展野外研究，第五年返校完成毕业论文。
入学之后，华方圆发现班里同学几乎都有野外工作经验，对研究方向和研究地点也几乎都有成型的想法，而自己却是一张白纸，毫无积累。
于是，在得知印尼苏门答腊有个针对鸟类的保护项目后，她硬着头皮申请了该保护项目的博士课题。赶着项目节点，她在第一年末申请并拿到了学校针对热带地区的保护和发展基金。
“生平第一次出野外，就是背着砍刀跟语言几乎不通的队员一路砍出小道、踏进有老虎大象的热带雨林失联式扎营十多天。不管是硬着头皮还是求之不得，这堂野外入门课也算是高配了。”
这一个月里既要适应在湿热雨林里的全新工作模式又要带队考察，甚至2008年的第二次野外工作整个团队都感染了疟疾纷纷倒下，这对她来说都是既新奇又辛苦的经历。
但由于经验不足，前期课题缺乏铺垫，华方圆在2008年之后没有拿到大笔经费。于是在2009年，她不得不把课题的第二部分调整到美国去做——这样才能借用导师的器材和车辆等野外资源。
这一年中，华方圆继续不懈地申请苏门答腊的研究经费，终于在2010年回到印尼，在雨林里摸爬滚打11个月完成了博士课题的第一部分。
常规五年的博士她念了六年半才毕业——“这也算是种种原因下读博历程艰辛的体现之一吧”，华方圆说道。
华方圆曾经在接受采访时，一再强调自己是个很不好的例子，希望年轻人不要像自己一样，要早早规划和决定今后的路。
但是，这些走过的弯路，以及敢于变道的勇气，积攒到如今回看，或许才是她生命中一笔宝贵的精神财富。
